Fundado por Real Decreto de Isabel II en 1867.
El museo se encuentra instalado en el Palacio de Bibliotecas y Museos, de estilo Neoclásico realizado en el siglo XIX por el arquitecto Francisco Jareño.

En su interior se pueden admirar magnificas piezas, de sus destacadas colecciones de Prehistoria , Egipto, Grecia, Hispania Romana y Visigótica, Edad Media así como piezas de Artes Decorativas de los siglos XV al XVIII.
En su jardín, se puede visitar una reproducción de las pinturas de la Cueva de Altamira.